zhimingqingliangchao，zongtishang，fojiaoyijingjinrumeiluoshiqi。youyumingchaofengjianzhuanzhizhuyidejinyibuqianghua，gengyouyuqingchaoshiyizuruzhuzhongyuan，duihanzujinxingleyankudesixiangkongzhi，fanyingdaofojiaozhongbianshililunchuangzaodeshuaijie，sengjiaguanlideyangehua，fojiaobenshenjinyibushisuhua。mingchutongzhizhecongzhidushangxianzhifojiaodeshehuixingdiwei，minghouqizeyouzhuhongdengsidagaosengguchuifojiaozhuzongbingzhong，sanjiaoguiyi；並對佛教本身的弊病進行了批評。清初有雍正皇帝借談禪而對佛教界進行思想肅整。清末則形成了強大居士佛教潮流，它在講學傳法、刻經流通、複興佛教諸方麵都做了大量工作，其影響一直延續到本世紀。
明初對於佛教控製極為嚴格，太祖朱無璋自己做過和尚，也是靠農民起義而起家的，因為深知以理學加強思想統治的必要。他說過“天下甫定，朕原與諸儒講明治道”（《明史·太祖記》），這一背景下的佛教是受到嚴格限製的。1368年，太祖在金陵天界寺設善政院，管理天下佛教。1382年，詔分天下寺禪、講、教三種。佛教被認為隻有禪定、義理一宗和法事一宗。所謂教，即惟瑜珈法事等為主要內容。1391年朝廷頒布的《申明佛教榜冊》說：“jintianxiazhiseng，duoyusuhunxiao，youburusuzheshenduo，shidengqijiaoerbaiqixing，lidangqingqishierchengqizong。lingyichu，chanzhechan，jiangzhejiang，yujiazheyujia，gechengzongpai，jizhongweisi。youqishiyuanhaisuzheting，yuanqilizheting。”清qing初chu沿yan襲xi明ming製zhi，加jia強qiang僧seng官guan製zhi度du。至zhi於yu喇la嘛ma教jiao，明ming代dai取qu消xiao喇la嘛ma教jiao的de特te權quan，但dan出chu於yu政zheng治zhi仍reng在zai西xi北bei設she藏zang僧seng官guan，優you禮li西xi藏zang喇la嘛ma。清qing代dai對dui喇la嘛ma教jiao扶fu持chi的de政zheng治zhi用yong意yi更geng為wei明ming顯xian。
明清兩代，內地主要仍為禪淨兩宗流行。明初的禪僧，如楚石梵琦在他的《淨寺詩》中寫道：“一寸光陰一寸金，勸君念佛早回心。”明中葉後，如臨濟僧笑岩德寶、曹洞僧無異元來等都大倡“三教合一”。永覺元賢說：“教既分三，強同之者妄也；理實為一，強異之者迷也……蓋理外無教，故教必歸理。”入清以後，淨土宗僧人代有所出，行策撰《起一心精進念佛七期規定》，為近代“打七念佛”之始，其他居士從周夢顏到楊文會都是以淨土為學佛歸趣的。明清兩代大夫參禪學風已成風氣，王陽明、李贄都曾習禪，袁宏道三兄弟都曾入禪而歸淨土。清末的居士佛教是當時的主流，清初有宋文森、畢奇、周夢顏、彭紹升等，清末各地刻經成風，江浙如蘇州、揚州、杭州、常熟、如皋多有刻經處。楊文會同日本、歐美佛教學者交換互缺經典，刻印流通，又參與當時錫蘭高僧達摩波羅在印度和歐洲發動的國際佛教複興活動。他創設的金陵刻經處弘法至今。居士歐陽竟無所辦的支那內學院，釋太虛與陳元白、章太炎所辦的覺社，都非常活躍，也培養了大批義學骨幹。
明(ming)代(dai)隨(sui)著(zhe)佛(fo)教(jiao)進(jin)一(yi)步(bu)世(shi)俗(su)化(hua)，在(zai)吸(xi)收(shou)道(dao)教(jiao)傳(chuan)教(jiao)方(fang)式(shi)的(de)基(ji)礎(chu)上(shang)，出(chu)現(xian)了(le)許(xu)多(duo)充(chong)滿(man)儒(ru)家(jia)倫(lun)理(li)的(de)糅(rou)合(he)佛(fo)教(jiao)說(shuo)教(jiao)的(de)著(zhu)作(zuo)，稱(cheng)為(wei)善(shan)書(shu)或(huo)寶(bao)卷(juan)。善(shan)書(shu)的(de)模(mo)仿(fang)原(yuan)型(xing)是(shi)道(dao)教(jiao)的(de)《太上感應篇》、《文昌帝君陰騭》文類；寶卷則由唐代的佛變化演化而來。所有這些流行的寶卷和善書，都以佛教中的靈異感應或因果報應為內容。明代的佛教義學以朱宏、真可、德清、智zhi旭xu明ming末mo四si大da高gao僧seng為wei旗qi幟zhi，他ta們men麵mian對dui佛fo教jiao在zai民min間jian的de世shi俗su化hua和he商shang業ye化hua，特te別bie提ti出chu了le讀du經jing的de重zhong要yao性xing，認ren為wei文wen字zi經jing教jiao才cai是shi佛fo教jiao的de根gen本ben。針zhen對dui淨jing土tu信xin仰yang的de需xu要yao，朱zhu宏hong對dui佛fo教jiao法fa會hui的de軌gui儀yi加jia以yi修xiu訂ding，形xing成cheng沿yan襲xi至zhi今jin的de水shui陸lu懺chan儀yi。他ta們men又you都dou不bu同tong程cheng度du地di強qiang調tiao三san教jiao合he一yi，像xiang德de清qing主zhu張zhang禪chan淨jing兼jian修xiu而er融rong通tong法fa華hua，而er智zhi旭xu倡chang“融合諸學，歸極淨土”。erzaiqingmodefojiaoyixuezhong。zuizhideyitideshifojiaofaxiangzongxueshuodehuodongzhongxingheweizhongxusongyihoujiuzaihandixiaoshidezhenyanmijiaoerjieshaoheyinruzangmijidongmidehuodong。ranerwujinguanfojiaofuxingdehushengyouzengwujian，danfojiaoxingqidediercigaochaobingweishixian，youqishiwanqingyouyushidafumenjingxiangchangdao，faxiangweishibuyishichengweitanzi。xiangtansitongshijiangfaxiangweishixuedangzuowanjiushuaibaideguojiaheshidaorenxindesixiangwuqide。danwulunruhe，fojiaoyixuedefuxingbingweilaidao，fojiaozaishirenzhongjianyezhizhuyaobiaoxianweijingtufojiao，erminjianzejibenshangjingchanfojiaozailiuxing，zheshiweixuduoyoujianshidejindaifojiaodadeshenweitongxinjishoudexianshizhuangkuang。