持誦真言是密教的主要修行方法之一，稱為念誦法或持誦法。密教的念誦法很多，各種經典中的分類和叫法也不盡一致。按《大日經》卷三、七及其《疏》、《金剛頂略出經》、《五字陀羅尼頌》、《一字頂輪王瑜伽經》及《秘藏記》、《大法對受記》等，綜括起來大致有如下數種：
一、音聲念誦，亦稱聲念誦、言音念誦、蓮花念誦，即發聲念誦。《大日經》中有先持誦法，亦稱前治法念誦，先持法、先方便念誦，即先承事供養時，反複誦唱本尊真言。《大日經疏》說聲念誦“謂專心口誦真言，真言中聲出時，一一聲字皆悉諦了，不間斷攀緣也”。《秘藏記》等說，蓮花念誦之聲音大小，以自己聽聞清晰，他人能聽到微弱聲音為宜。《蘇婆呼童子經》說，念誦之聲勿高勿默，不大不小，使聲音和暢，速度不太急，亦產遲緩，不令間斷，禁止與人說話，專注一心。
二、忿怒念誦，亦稱降魔念誦，即厲聲念誦，降伏魔障及修降伏法時，忿怒之聲念誦。《五字陀羅尼頌》說降魔念誦“以悲心為本，外現忿怒相，顰眉聲亦厲”。
三、默念誦，亦稱唇動念誦，即念誦時唇吻微動而不露齒，或出半聲、或不出聲。《妙臂菩薩所問經》說：“持念之法，令唇微動，勿使有聲，亦不露齒，一心專注，勿令散動。”
四、金剛念誦，唇齒相合，舌少動，不出聲音。
五、三摩地念誦，亦稱意支念誦、意念誦、心念誦、觀想念誦，即在定中觀想真言，心想念誦。《大日經》說意支念誦分為五種念誦次第：
字念誦，說稱菩提心念誦，字真言觀，即觀想真言種子、或真言字輪。《大日經疏》卷十說：“或(huo)住(zhu)心(xin)種(zhong)子(zi)之(zhi)字(zi)，或(huo)想(xiang)真(zhen)言(yan)令(ling)成(cheng)輪(lun)像(xiang)，或(huo)如(ru)曼(man)形(xing)，或(huo)如(ru)係(xi)珠(zhu)，明(ming)淨(jing)無(wu)垢(gou)，循(xun)環(huan)相(xiang)續(xu)，無(wu)有(you)間(jian)斷(duan)。如(ru)是(shi)令(ling)現(xian)前(qian)最(zui)明(ming)了(le)自(zi)己(ji)，想(xiang)此(ci)真(zhen)言(yan)輪(lun)明(ming)白(bai)如(ru)淳(chun)淨(jing)乳(ru)，次(ci)第(di)流(liu)注(zhu)，無(wu)有(you)斷(duan)絕(jue)，從(cong)口(kou)中(zhong)而(er)入(ru)，從(cong)上(shang)向(xiang)下(xia)遍(bian)灑(sa)下(xia)品(pin)，頭(tou)尾(wei)相(xiang)接(jie)，牽(qian)入(ru)此(ci)中(zhong)，身(shen)心(xin)流(liu)布(bu)，灌(guan)身(shen)份(fen)。”觀想種字、字輪須與淨菩提心相應，“想此一一字明白淨徹，如淨明珠，一一字皆又明了，遍有光曼，次第不斷，而注其心，如甘露灌灑”，使已垢心漸除，淨菩提心顯現。此間如出現種種障難，一緣不動，無有取舍。
聲念誦，亦稱聲真言觀，即觀想真言聲音。《大日經疏》說：“觀(guan)想(xiang)字(zi)字(zi)句(ju)句(ju)真(zhen)言(yan)之(zhi)聲(sheng)，如(ru)前(qian)次(ci)第(di)相(xiang)續(xu)，輪(lun)環(huan)不(bu)斷(duan)。一(yi)一(yi)聲(sheng)相(xiang)明(ming)了(le)，如(ru)鈴(ling)鐸(duo)風(feng)梵(fan)之(zhi)音(yin)次(ci)第(di)不(bu)斷(duan)，而(er)入(ru)其(qi)身(shen)，遍(bian)其(qi)體(ti)內(nei)。以(yi)此(ci)因(yin)緣(yuan)，能(neng)令(ling)身(shen)心(xin)掃(sao)除(chu)垢(gou)濁(zhuo)了(le)，如(ru)火(huo)起(qi)時(shi)諸(zhu)塵(chen)悉(xi)淨(jing)。”
句念誦，亦稱句義觀、真實念誦，即觀想真言句義，《大日經疏》說：“句是義趣所歸趣之處也”。說：“若但口誦真言，而不思維其義，隻可成世間義利，豈得成金剛體性乎？故偈雲：最勝真實聲，真言真言相，行者諦思惟，得成不壞句”。（卷七）句義念誦亦作本尊觀想，諦思了悟句義，即與自心菩提相應。《大日經疏》說：“又句中義者，即是本尊之體。先想本尊明了，次即自觀已身同於本尊，令內外明了也。”又說：“字真言觀即是真言身，聲真言觀即是真言主，句義觀即是真言之體，即真言心也。”
命息念誦，亦稱攝意念誦、出入息念誦、隨息念誦，即觀真言隨出入息流注於本尊與已身心間，以使諸根清淨。《大日經疏》說：“所(suo)謂(wei)出(chu)入(ru)息(xi)者(zhe)，如(ru)世(shi)人(ren)息(xi)入(ru)身(shen)複(fu)出(chu)，出(chu)已(yi)複(fu)入(ru)，無(wu)有(you)斷(duan)絕(jue)間(jian)隙(xi)。此(ci)人(ren)觀(guan)見(jian)字(zi)輪(lun)圓(yuan)明(ming)，亦(yi)複(fu)如(ru)是(shi)，眾(zhong)本(ben)尊(zun)心(xin)念(nian)念(nian)流(liu)入(ru)其(qi)身(shen)，猶(you)如(ru)入(ru)息(xi)。如(ru)是(shi)念(nian)念(nian)，周(zhou)環(huan)無(wu)窮(qiong)，即(ji)是(shi)真(zhen)言(yan)行(xing)人(ren)之(zhi)出(chu)入(ru)息(xi)也(ye)。如(ru)是(shi)出(chu)入(ru)息(xi)流(liu)注(zhu)身(shen)心(xin)，淨(jing)諸(zhu)垢(gou)穢(hui)，漸(jian)得(de)諸(zhu)根(gen)清(qing)淨(jing)。”
無相念誦，說稱內念誦、無分別意念誦，即拋卻真言字聲等有相係緣法，而作無分別，無相緣之念誦，直識真言實相菩提心。《疏》說，就世間中念誦，以出入息為最上，就出世間中念誦，以無分別意念誦為最上。說：“謂三種（以上三念誦法）中zhong但dan觀guan於yu一yi字zi印yin身shen，觀guan之zhi識shi其qi本ben性xing，如ru印yin即ji是shi字zi，字zi即ji是shi身shen，無wu礙ai而er心xin湛zhan然ran，是shi念nian誦song也ye。若ruo以yi字zi作zuo出chu入ru息xi者zhe，知zhi字zi即ji真zhen言yan之zhi體ti，以yi此ci出chu入ru資zi力li，名ming出chu入ru息xi也ye。然ran此ci二er中zhong有you出chu入ru息xi，有you少shao所suo攀pan緣yuan，故gu當dang知zhi意yi念nian誦song最zui為wei上shang也ye。字zi、印、尊無所分別，作出入息亦得也。”又：“jiushijianzhongniansong，churuxizuiweishangye。qianchuruxizuiweishangzhe，qianchuruxi，bianziweichuruxi，jinshijianniansong，jianchuruxizhongyouzilelefenming，shiyoufenbieye。qianchushijianbuzuorushifenbieye。”（卷二十）這是說佛教（出世間）真言意念誦之出入息，是無分別念誦，與一般的（世間）出chu入ru息xi念nian誦song有you區qu別bie的de。係xi緣yuan於yu真zhen言yan字zi句ju是shi外wai念nian誦song，是shi有you相xiang念nian誦song，而er觀guan見jian其qi真zhen實shi相xiang，遠yuan離li字zi句ju，自zi與yu本ben尊zun合he一yi，無wu取qu無wu舍she，無wu能neng所suo，即ji是shi內nei念nian誦song（意念誦），是無相念誦。“若觀菩提心，是一向無相也，此心即是佛，佛即是自身也。自身即成佛，成佛故，一相無異，故名無相。”（卷二十）
六、成就念誦，即以真言加持三昧耶形刀、劍、杵、蓮及塔、像、珠、等成就物，發生煙、氣、光焰、音聲等，亦以真言加持身語成就（口成就）等。所謂色念誦、印念誦、相念誦、光明念誦等，均屬成就念誦。《一字頂輪王觀行儀》說色念誦，“色者說為印，與此相應轉，善思惟其明（真言），當安其胸臆，印焰明觀察，身中出金剛，甘露而灌灑，令本天喜悅，得隱自身形。”成就印契等，稱物成就。而身出光明、暖(nuan)煙(yan)及(ji)至(zhi)飛(fei)空(kong)而(er)去(qu)。即(ji)身(shen)成(cheng)就(jiu)。依(yi)法(fa)以(yi)住(zhu)蓮(lian)花(hua)上(shang)有(you)商(shang)去(qu)發(fa)出(chu)真(zhen)言(yan)聲(sheng)，或(huo)花(hua)心(xin)發(fa)聲(sheng)至(zhi)咽(yan)至(zhi)舌(she)，而(er)出(chu)光(guang)明(ming)遍(bian)滿(man)，光(guang)明(ming)中(zhong)出(chu)真(zhen)言(yan)大(da)聲(sheng)滿(man)虛(xu)空(kong)，即(ji)口(kou)成(cheng)就(jiu)。