zangchuanfojiaoyibanshixingliangyuanzhi，huochengliangleixueyuanzhi，jijianglunyuanhexiuxingyuan，yichengzuoxianzongxueyuanhemizongxueyuan。youdesiyuanrugelupaisiyuansheyouhaojigeyuan，danshujiaoxuehexiuxixingzhideyebuchuzheliangleixueyuan。xiuxingyuanjiushizhuanmenxiuximijiaodejigou，danjianglunyuanhuojiangjingyuanjiubuyidingjinshuxianjiaoxuexijigou。yibanlaishuo，gadangpai、格魯派等顯教派別（或稱側重顯教的派別）的講論院，基本上或完全是顯教性質的，但寧瑪、噶舉、薩迦、覺囊等密教派別的講論院則顯密各半，除了進行初級階段的學習（語言文字）和he中zhong級ji階jie段duan的de顯xian教jiao經jing論lun之zhi外wai，亦yi在zai此ci院yuan學xue習xi密mi教jiao經jing論lun，尤you其qi講jiang習xi本ben派pai著zhu作zuo及ji其qi宗zong見jian，也ye就jiu是shi說shuo不bu論lun顯xian密mi，凡fan屬shu基ji礎chu知zhi識shi和he經jing論lun釋shi著zhu及ji其qi宗zong見jian方fang麵mian知zhi識shi傳chuan授shou，都dou在zai講jiang論lun院yuan進jin行xing。如ru現xian代dai的de寧ning瑪ma派pai寺si院yuan，講jiang論lun院yuan稱cheng教jiao學xue學xue院yuan，凡fan屬shu教jiao導dao的de知zhi識shi方fang麵mian的de內nei容rong，不bu論lun顯xian教jiao或huo密mi教jiao都dou在zai教jiao學xue學xue院yuan進jin行xing，先xian教jiao授shou顯xian教jiao經jing論lun，包bao括kuo寺si規gui戒jie律lv、小乘經論注釋、大乘經論，再教授密經論著述，包括各派共同遵循的和本派本宗及本係側重的經論，如密教要點，索宗、絨宗的兩派的著作及隆慶巴的著作、七寶藏論等。又如現代覺囊派的講論院，學完般若、中觀、俱舍、戒律之後，進一步學習多布巴的《山法了義海》、多羅那他的《全集》以及其他本派僧人的著作和本派教材（一般是代表本派見解的著作）。
近(jin)現(xian)代(dai)密(mi)教(jiao)派(pai)別(bie)的(de)兩(liang)院(yuan)製(zhi)，有(you)的(de)如(ru)寧(ning)瑪(ma)派(pai)等(deng)受(shou)格(ge)魯(lu)派(pai)的(de)一(yi)定(ding)影(ying)響(xiang)，也(ye)注(zhu)重(zhong)顯(xian)教(jiao)經(jing)論(lun)尤(you)其(qi)格(ge)魯(lu)派(pai)所(suo)重(zhong)的(de)論(lun)典(dian)而(er)設(she)置(zhi)講(jiang)論(lun)院(yuan)。但(dan)在(zai)以(yi)前(qian)不(bu)少(shao)派(pai)別(bie)的(de)寺(si)院(yuan)並(bing)不(bu)明(ming)確(que)分(fen)設(she)顯(xian)密(mi)兩(liang)院(yuan)，寺(si)院(yuan)的(de)一(yi)個(ge)或(huo)數(shu)個(ge)學(xue)院(yuan)都(dou)是(shi)不(bu)同(tong)類(lei)別(bie)的(de)密(mi)教(jiao)學(xue)院(yuan)，講(jiang)習(xi)內(nei)容(rong)以(yi)密(mi)教(jiao)為(wei)主(zhu)，附(fu)帶(dai)講(jiang)習(xi)顯(xian)教(jiao)內(nei)容(rong)。而(er)密(mi)教(jiao)的(de)講(jiang)習(xi)多(duo)側(ce)重(zhong)修(xiu)行(xing)方(fang)麵(mian)的(de)內(nei)容(rong)，密(mi)教(jiao)學(xue)院(yuan)以(yi)修(xiu)習(xi)為(wei)主(zhu)，學(xue)院(yuan)實(shi)際(ji)上(shang)是(shi)修(xiu)行(xing)院(yuan)。密(mi)教(jiao)的(de)修(xiu)行(xing)院(yuan)也(ye)有(you)分(fen)為(wei)兩(liang)類(lei)，一(yi)類(lei)是(shi)講(jiang)論(lun)、修行合在一起的修行院，一是專門修行的靜修院。前一類修行院是按部就班地眾上師學習密教經論著述及修行理論和基本技術、方法，也依課程安排進行實際訓練。如現代覺囊派的寺院先學習《時輪》、《勝樂》、《呼金剛》根本續及注釋續和多布巴、多羅那他的著作，亦學習克珠傑、莫mo帕pa巴ba及ji其qi他ta派pai別bie的de有you關guan時shi輪lun續xu的de注zhu疏shu。然ran後hou進jin行xing閉bi關guan靜jing修xiu，主zhu要yao練lian習xi六liu支zhi愈yu瑜yu伽jia及ji其qi他ta密mi法fa。時shi間jian一yi般ban三san年nian。閉bi關guan期qi間jian不bu得de外wai出chu，削xue發fa換huan衣yi，食shi物wu由you寺si院yuan或huo家jia供gong給gei，嚴yan格ge遵zun才cai閉bi關guan戒jie規gui。專zhuan門men的de靜jing修xiu院yuan供gong一yi般ban學xue僧seng練lian習xi的de多duo設she在zai寺si內nei，供gong已yi有you一yi不bu定ding期qi成cheng就jiu或huo相xiang當dang資zi格ge的de喇la嘛ma修xiu行xing的de多duo設she在zai寺si外wai，或huo與yu主zhu寺si有you一yi定ding距ju離li的de獨du立li小xiao院yuan，有you的de設she在zai荒huang效xiao野ye外wai，遠yuan離li人ren群qun聚ju居ju區qu。設she在zai荒huang郊jiao野ye個ge的de靜jing修xiu院yuan，有you的de隻zhi是shi岩yan洞dong崖ya窟ku，有you的de甚shen至zhi是shi地di下xia室shi穴xue，曆li史shi上shang以yi實shi修xiu著zhu稱cheng的de噶ga舉ju派pai多duo有you此ci類lei野ye外wai窟ku穴xue靜jing室shi，現xian代dai的de格ge魯lu派pai也ye往wang往wang有you此ci類lei靜jing室shi。
顯教派別以格魯派為代表，寺內設有好幾個學院，一般為四大學院：講論院（顯宗院）、密宗院、時輪院、醫yi學xue院yuan。其qi中zhong密mi宗zong院yuan和he時shi輪lun院yuan都dou是shi修xiu習xi密mi教jiao的de機ji構gou，隻zhi是shi時shi輪lun院yuan專zhuan習xi時shi輪lun法fa和he進jin行xing時shi輪lun教jiao法fa中zhong的de天tian文wen曆li算suan及ji技ji藝yi性xing的de活huo動dong。有you的de寺si院yuan除chu這zhe兩liang個ge密mi教jiao學xue院yuan之zhi外wai，還hai有you喜xi金jin剛gang學xue院yuan，專zhuan習xi喜xi金jin剛gang法fa及ji勝sheng樂le諸zhu法fa，又you有you寺si外wai設she置zhi的de靜jing修xiu窟ku室shi。格ge魯lu派pai的de密mi宗zong院yuan是shi專zhuan門men修xiu習xi密mi教jiao的de機ji構gou，有you的de寺si院yuan有you兩liang個ge學xue院yuan，稱cheng下xia密mi院yuan與yu上shang密mi院yuan，一yi般ban隻zhi設she其qi中zhong的de一yi院yuan。其qi創chuang設she源yuan於yu宗zong喀ka馬ma傳chuan授shou密mi法fa的de弟di子zi協xie饒rao僧seng格ge，他ta先xian在zai後hou藏zang色se地di建jian立li密mi宗zong院yuan，稱cheng色se舉ju巴ba紮zha倉cang。後hou在zai衛wei地di拉la薩sa建jian密mi宗zong院yuan，稱cheng舉ju麥mai紮zha倉cang，其qi再zai傳chuan弟di子zi袞gun噶ga頓dun珠zhu後hou來lai又you分fen遷qian衛wei地di上shang部bu，遂sui將jiang其qi稱cheng為wei上shang密mi院yuan（舉堆紮倉），原密院稱為下密院（舉麥紮倉），故格魯派密教的傳承分二係三院。上、下密院的組織係統都一樣，設有紮倉、康村兩級組織和執事人員，紮倉設有堪布（法座）一人，任期三年。格貴（監督，即鐵棒喇嘛）一人，任期半年。翁則（經頭）一人，任期三年。強佑四人，任期四至五年。一般格貴的職位必須由取得格西學位的“左仁巴”充chong任ren，期qi滿man後hou提ti升sheng翁weng則ze，翁weng則ze任ren滿man後hou按an年nian資zi提ti升sheng堪kan布bu，堪kan布bu任ren滿man後hou退tui職zhi，稱cheng堪kan蘇su。堪kan蘇su由you資zi格ge提ti升sheng法fa尊zun的de高gao職zhi。上shang密mi院yuan的de法fa尊zun稱cheng東dong峰feng法fa尊zun，下xia密mi院yuan的de法fa尊zun稱cheng北bei峰feng法fa尊zun。有you法fa尊zun的de地di位wei後hou，就jiu可ke以yi候hou選xuan甘gan丹dan赤chi巴ba等deng的de首shou席xi繼ji承cheng人ren。上shang、下密院修習的內容，主要是宗喀巴建立的密教教法，如《密集》四疏、廣略二注，及八大導引、六大導引，大威德、時輪、勝樂等生圓二次第及各係統著作。
有的格魯派寺院如哲蚌寺、色拉寺等，另設有阿巴紮倉，也是專修密法的紮倉，上、下密院不同，其中修習的僧人可以不必經過顯宗學院的學習，其他位資格自然比較低，稱其為阿巴紮巴，上、下密院的僧人則稱喇嘛舉巴。有的寺院如拉卜欏寺還設有喜金剛學院，亦屬專習密教的機構。其院長（紮倉赤巴）是從顯宗學院中有學問、受尊敬的喇嘛中選拔任命的。院長之下設有總臨（持者）一人，經頭一人，司庫四名，年長代表四名，及廚師、持瓶者各一人，均任期一年。時輪學院的設置，與以上大致相同。其級別，亦與密宗基本相同，分初、中、高三級，但不同的是製作日曆。